Jeden z Krzeszów – Sebastian przeszedł na arianizm, co spowodowało zatarg z proboszczem Męciny. Bracia Krzeszowie podzielili się majątkiem ojcowskim. Mogło właśnie wtedy dojść do oddzielenia Kłodnego od Męciny. Był to prawdopodobnie rok 1545. Przez długi czas jednak ludność Kłodnego chrzciła dzieci w Męcinie, tam także zawierano związki małżeńskie.
W wyniku I rozbioru Polski Kłodne znalazło się w granicach Austrii.
I wojna światowa
II wojna światowa Wojska niemieckie wkroczyły do Kłodnego 5 września 1939 roku, a tym samym rozpoczął się okres okupacji niemieckiej. Od początku naznaczonej różnego rodzaju represjami wobec mieszkańców.
Trzech mieszkańców wioski brało udział w wojnie jako żołnierze Wojska Polskiego m.in. Piotr Dudzik w stopniu strzelca, który walczył w 1 Pułku Strzelców Podhalańskich. Jan Leśnik również w stopniu strzelca, został wzięty do niewoli, następnie zwolniony do prac cywilnych. W kampanii wrześniowej 1939 roku wziął udział Jan Świerczek w stopniu kaprala, który został wzięty do niewoli w październiku 1939 roku, następnie zwolniony w lipcu 1940 roku.
W czasie okupacji hitlerowcy w sposób okrutny obchodzili się również miejscową ludnością, wiele osób aresztowano i deportowano na roboty przymusowe jak również do obozów koncentracyjnych m.in.