Geografia mały|Dolina Miłosierdzia Bożego w Kraczkowej Kraczkowa położona jest na Przedgórzu Rzeszowskim i w małej części Działu Zachodniego Pogórza Karpackiego. Ukształtowanie powierzchni jest wyżynne z płaską kotliną w środkowej części wsi, otoczoną terenem pofałdowanym. Najwyższym wzniesieniem jest Patryja (280 m n.p.m.) w północnej części. Południowa część Kraczkowej wznosi się wyżej, m.in. wzgórze św. Marii Magdaleny (380 m n.p.m.). Środkiem wsi płynie potok zwany Rzeką, do którego wpływa drugi potok z Działów Zachodnich. Połączone cieki wodne łączą się dalej z rzeką Sawą. Przez Budy Kraczkowskie przepływa kolejny potok.
Na terenie Kraczkowej skałą macierzystą są lessy o składzie granulometrycznym pyłów ilastych. Gleba powstała w wyniku procesu brunatnienia i charakteryzuje się strukturą gruzełkowatą z dobrym uwilgotnieniem i średnią zawartością próchnicy. Gleby na terenie wsi należą do klasy II i III pod względem wartości bonitacyjnej.