Uczeni religijni tacy jak Laurence B. Brown krytykują nadużycia słowa agnostycyzm, twierdząc, że stał się jednym z najbardziej błędnych terminów w metafizyce. Laurence B. Brown stawia pytanie: „Twierdzisz, że nic nie może być znane z całą pewnością ... jak więc możesz być tak pewny?”.
Kościół katolicki traktuje agnostycyzm podobnie jak ateizm. Katechizm Kościoła Katolickiego uznaje agnostycyzm w odniesieniu do Boga za grzech przeciwko cnocie religijności, uważając, że agnostycyzm może się wiązać zarówno z jakimś poszukiwaniem Boga, jak i z ucieczką przed ostatecznymi pytaniami egzystencjalnymi oraz lenistwem sumienia moralnego i być równoznaczny z ateizmem praktycznym.
Krytyka ateistyczna Według Richarda Dawkinsa, rozróżnienie między agnostycyzmem a ateizmem jest niewygodne i zależy od tego, jak blisko zera osoba jest skłonna ocenić prawdopodobieństwo istnienia jakiegokolwiek podmiotu podobnego do boga. O sobie, kontynuuje Dawkins: „Jestem agnostykiem tylko w takim zakresie, w jakim jestem agnostykiem w stosunku do wróżek w ogrodzie”. Dawkins identyfikuje również dwie kategorie agnostycyzmu;