Negatywnego charakteru określenie „herezja” nabrało w ramach chrześcijańskiego nurtu wraz z jego rozwojem.
W tradycji chrześcijańskiej herezja to interpretacja twierdzeń wiary chrześcijańskiej, polegająca na wyodrębnieniu jakiegoś zagadnienia i przedstawieniu go w sposób, który przeciwstawia się całości nauczaniu wiary; nieprzyjmowanie jednego lub więcej twierdzeń, uznanych w Kościele za dogmat. Jako pojęcie występujące w chrześcijaństwie, sensu stricto, odnosi się tylko do sporów doktrynalnych w obrębie chrześcijaństwa. Podobne do chrześcijańskiej herezji zjawiska zdarzały się w obrębie innych wielkich religii (judaizmie, islamie), mając w nich jednak inne znaczenie, inny wymiar i inne skutki. Dlatego można je określać jako herezję tylko umownie, przez analogię. Dawniej odstępca od religii rzymskokatolickiej nazywany był kacerzem, z , ostatecznie z (katharós, „czysty”), jako pejoratyw Katarów.
W 1965 roku Kościół Katolicki przyjął deklarację Nostra aetate, w której wzywa do braterstwa między ludźmi i sprzeciwia się wszelkim formom dyskryminacji i prześladowań religijnych. W 2000 roku papież Jan Paweł II przeprosił w „milenijnym mea culpa” za podejście katolików do heretyków, Żydów i kobiet w ciągu minionych 2000 lat.