W opracowanej w 1971 przez Powiatowy Inspektorat Statystyczny w Prudniku Statystycznej charakterystyce miejscowości w gromadach powiatu prudnickiego wymieniono dwie miejscowości o nazwie Krzyżkowice: wieś oraz jej przysiółek.
W historycznych dokumentach nazwę miejscowości wzmiankowano w różnych językach oraz formach: Cristendorf (1318), Criskowicz (1321), Creiskovicz, Creickendorf (1331), Creyskendorff (1481), Krzyzkowicze (1481), Krzisskowicze (1573), Kreschendorff (1651), Kreschendorf (1784), Kröschendorf (1845), Krzyżkowice, czes. Křižkovice – Kröschendorff (1896), Kröschendorf, Chróścice (1941), Krzyżkowice (1947).
Historia mały|lewo|Kamień graniczny Królewskiego Miasta Prudnika (niem. Konigliche Stadt Neustadt) w Krzyżkowicach Wieś wzmiankowana po raz pierwszy była w 1321 roku jako Krizkowicz. Jej nazwa pochodzi z 1238 roku, od nazwy osobowej Krzyżek, co sugeruje jej pierwszego właściciela oraz wcześniejsze powstanie. W Krzyżkowicach rezydowali rycerze z rodu Schnellenwaldów. Była to duża wieś kmiecia o funkcji rolniczej i ulicowym układzie zabudowy. W XV wieku wieś znalazła się w granicach księstwa głogówecko-prudnickiego. mały|upright|Pieczęć Krzyżkowic (1722) mały|lewo|Krzyżkowice (Kreschendorf) wśród miejscowości ziemi prudnickiej na polskojęzycznej mapie z 1772 W 1573 właścicielem Krzyżkowic był Jerzy Kotulinski.