Evangelion jednostka 03 (sangōki) Zbudowana w Stanach Zjednoczonych przez drugi oddział NERVu, Jednostka 03 jest jedną z dwóch jednostek wykonanych według Drugiego Modelu Produkcji. Zostało dokonanych kilka małych zmian pomiędzy dwoma Modelami Produkcji. Kolor jednostki 03 jest unikatowy, o wiele ciemniejszy od innych jednostek. Ma głowę o dziwnym kształcie i wysuniętą brodę. Pilot tej jednostki to Toji Suzuhara. Jednostka ta została opanowana przez trzynastego Anioła, Bardiela. Jako Bardiel, Evangelion został całkowicie zniszczony przez Jednostkę 01, która była wtedy pod kontrolą Systemu Dummy Plug, symulującego Rei jako pilota.
Evangelion jednostka 04 (yongōki) Chociaż Jednostka 04 nigdy nie pojawia się w serii, gra ważną rolę w fabule. Tak jak Jednostka 03, Evangelion ten został zbudowany przez Drugi Oddział w Nevadzie i został użyty w celu eksperymentu z Modułem S². Silnik S² został prawdopodobnie wzięty z czwartego Anioła, Shamshela. Jednostka 04 została zniszczona razem z całym Drugim Oddziałem i wszystkim co znajdowało się w promieniu 89 km od miejsca zdarzenia. Powody tej katastrofy pozostały niewyjaśnione. NERV zdołał tylko ustalić, że wybuch nastąpił po aktywacji Silnika S².