W roku 1454, w trakcie wojny trzynastoletniej, Kajny oraz okolice Olsztyna zostały złupione przez komtura ostródzkiego Henryka von Plauen. Krzyżacy spalili większość zabudowań. W roku 1481, na prośbę jednego z właścicieli Prusa Burkarda, kapituła postanowiła zmniejszyć mu roczny czynsz z 3,5 grzywny do sześciu skojców. W 1484 r. kapituła warmińska sprzedała trzy puste łany Prusowi o imieniem Hans, który miał przez najbliższe sześć lat płacić tylko 1,5 grzywny czynszu. Ostatnie cztery puste łany znalazły nowego właściciela dopiero w 1504 r., gdy administrator przekazał je dla wolnemu Prusa o imieniu Mateusz. W 1594 r. Hans Dink z Kajn kupił za 45 grzywien wystawiony na publiczną sprzedaż majątek po zmarłym Antonim.
W 1630 r. kapituła warmińska wydzierżawiła w Kajnach, olsztyńskiemu ławnikowi Walentemu Liedigowi, cztery opuszczone włóki na prawie magdeburskim. W 1656 r. w Kajnach było 28 łanów ziemi. We wsi mieszkało sześciu wolnych gospodarzy, którzy płacili na rzecz kapituły czynsz rekognicyjny w wysokości siedmiu łasztów żyta i pszenicy. Ponadto dawali trzy funty wosku i po jednym denarze kolońskim. Pełnili także trzy służby wojskowe na koniu na wypadek wojny. W roku 1673 w Kajnach było 38 mieszkańców.