W okresie okupacji Warmii przez Brandenburczyków w 1656 dobra rycerskie Kierpajny należały do uszlachconego Warmiaka Jakuba Marquarta, majątek liczył wtedy 15 łanów chełmińskich (1 łan – 16,8 ha). W 1889 roku wieś liczyła 6 zagród rozlokowanych po zachodniej stronie folwarku. W XX wieku areał majątku ziemskiego pozostawał taki sam jak w połowie XVII wieku, statystyka z 1929 roku podaje liczbę 250 ha. Wizerunek herbu Marquart zachował się na kilku przedmiotach, m.in. w Świętej Lipce. Brak danych na temat ostatnich przedwojennych właścicieli majątku.
Po 1945 majątek wziął w posiadanie PGR. W 1982 cały folwark wpisano do rejestru zabytków. Po likwidacji PGR-u majątek przekazano Agencji Własności Rolnej Skarbu Państwa (obecnie Agencja Nieruchomości Rolnych), ta folwark podzieliła, obecnie dwór stanowi własność prywatną i Skarbu Państwa, park jest w rękach prywatnych, zabudowania gospodarcze są nadal własnością ANR.