W 1581 płatnikiem poboru był Jan Zaremba Cerekwicki jako mąż Urszuli Kokorzyńskiej, córki Krzysztofa Kokorzyńskiego, który zapłacił z 3,5 łana, 6 zagrodników, komornika oraz od wiatraka.
W wyniku II rozbioru Rzeczypospolitej w 1793, miejscowość przeszła w posiadanie Prus i jak cała Wielkopolska znalazła się w zaborze pruskim. W okresie Wielkiego Księstwa Poznańskiego (1815–1848) miejscowość wzmiankowana jako Kokorzyn należała do wsi większych w ówczesnym powiecie Kosten rejencji poznańskiej. Kokorzyn należał do okręgu kościańskiego tego powiatu i stanowił siedzibę majątku Kokorzyn, który należał wówczas do Ludwika Zakrzewskiego. Według spisu urzędowego z 1837 roku Kokorzyn liczył 194 mieszkańców, którzy zamieszkiwali 16 dymów (domostw).
W latach 1954–1959 wieś należała i była siedzibą władz gromady Kokorzyn, po jej zniesieniu w gromadzie Kościan. W latach 1975–1998 miejscowość administracyjnie należała do województwa leszczyńskiego.