Miejscowość została objęta drugą falą wysiedleń Polaków z powiatu międzychodzkiego jaka miała miejsce w 1940. We wrześniu i październiku wysiedleniami objęto gminy Chrzypsko Wielkie, Kwilcz, Międzychód i Sieraków. Wysiedlenia te przeprowadzały jednostki SS, które wysiedliły 217 polskich rodzin – 1132 osoby. Gospodarstwa oraz majątek wysiedlonych rodzin, a także warsztaty rzemieślnicze, sklepy i domy przekazywano napływającym Niemcom bałtyckim oraz Niemcom przesiedlanym ze wschodu Europy.
Okres powojenny W latach 1954–1972 wieś należała i była siedzibą władz gromady Kwilcz. W latach 1975–1998 miejscowość administracyjnie należała do województwa poznańskiego.
We wsi była stacja kolejowa Kwilcz.
Sołectwo Sołectwo Kwilcz obejmuje miejscowości: Kwilcz – wieś (około 2500 mieszkańców), przy drodze krajowej nr 24 będąca centrum sołectwa oraz najważniejszą miejscowością gminy, Orzeszkowo – wieś przy drodze krajowej nr 24, licząca ponad 200 mieszkańców; osady i przysiółki: Dąbrowa – gajówka położona na południe od Kwilcza, Kozubówka – leśniczówka, Leśnik – osada leśna przy drodze wojewódzkiej 186, położona na północnym brzegu jeziora Kwileckiego, Nowa Dąbrowa – licząca około 42 mieszkańców (2003) osada położona 3 km na południe od Kwilcza, Nowy Młyn – niezamieszkana leśniczówka w pobliżu osady Leśnik, Pólko – przysiółek