W styczniu 1943 Hácha, osobiście nieprzejednany antykomunista, zdecydowanie odrzucił koncepcje jakiejkolwiek formy udziału Czechów w wojnie ze Związkiem Radzieckim. Tajnie współpracował także z czechosłowackim rządem na uchodźstwie prezydenta Edvarda Beneša.
Sytuacja zmieniła się, gdy uznawany przez Hitlera za nie dość ostrego Neurath został zastąpiony przez Reinharda Heydricha. Hácha stracił już jakikolwiek wpływ na sytuację w kraju i stał się „marionetką” sił okupacyjnych. Wielu z jego znajomych i współpracowników zostało aresztowanych (w tym premier Alois Eliáš) i rozstrzelanych lub wysłanych do obozów koncentracyjnych. Z prowadzonych śledztw Niemcy dowiedzieli się o nielojalności Háchy, ale ze względów propagandowych pozostawili go na stanowisku. Przeświadczenie, że jego los zależy od Niemców, w połączeniu z rozpoczętą przez Heydricha kampanią terroru, spowodowały, że kolaboracja, zabieganie o względy okupanta (na przykład podarował on Hitlerowi na urodziny pociąg sanitarny;