Podczas lat 40. i 50. McClintock odkryła zjawisko transpozycji i użyła go by udowodnić, że geny są odpowiedzialne za włączanie i wyłączanie cech fizycznych. Rozwinęła teorie wyjaśniające supresję i ekspresję informacji genetycznej pomiędzy kolejnymi pokoleniami kukurydzy. Z powodu sceptycyzmu wobec jej prac oraz idących za nim konsekwencji, w 1953 przestała publikować uzyskane dane.
W późniejszym okresie prowadziła intensywne badania nad cytogenetyką i etnobotaniką gatunków kukurydzy z Ameryki Południowej. Jej prace doczekały się dobrego zrozumienia dopiero w latach 60. i 70. Wtedy to inni naukowcy potwierdzili mechanizmy zmian genetycznych i regulacji genetycznej, których McClintock dowodziła w swoich badaniach nad kukurydzą w latach 40. i 50. Za tym poszły nagrody i uznanie jej zasług, w tym Nagroda Nobla w dziedzinie fizjologii i medycyny, przyznana w 1983 roku za odkrycie transpozycji genów. Jest jedyną kobietą, która otrzymała niewspółdzieloną Nagrodę Nobla w tej kategorii.