W XVI w. we wsi osiedliła się ludność polska. Z tego powodu od kapłana w Łęgutach wymagano znajomości języka polskiego. W 1619 wieś należała do wdowy po Achatiusie Borcku. W 1640 do parafii w Łęgutach należały także wsie: Tomaryny, Podlejki i Grazymy. W 1714 r. wspominany jest kierownik chóru. W latach 1737–1738 wybudowano nowy kościół. Na wyposażeniu kościoła był świecznik z mosiądzu z łapami lwa z XV w., ponadto chrzcielnice z 1685 r. i tablicę pamiątkową ku czci zmarłego w 1701 r. Johanna Ditrhicha Borcka.
W latach 1752–1818 należała do powiatu Morąg, a w latach 1818–1975 do powiatu ostródzkiego.
W styczniu 1945 roku wkraczający na te tereny żołnierze Armii Czerwonej zamordowali ok. 20 osób, które Sowieci pozwolili pochować w masowej mogile dopiero kilka miesięcy później.
Po drugiej wojnie światowej szkoła w Łęgutach rozpoczęła pracę 1. września 1945 r., nauczycielką była Teresa Karczewska (później pracowała w Brzydowie). W roku szkolnym 1946/47 w szkole nauczano w klasach I-VII.
W 2012 r. w Łęgutach uruchomiono elektrownię biogazową typu Navaro o mocy docelowej moc 1,2 MW. Całkowity koszt biogazowni wyniósł 18 mln złotych, w tym 6,9 mln złotych dofinansowała Unia Europejska.