W 1599 do Kolegium Kardynalskiego powołany został też 19-letni Giovanni Battista Deti, krewny matki papieża.
Oceniano, że w ciągu trzynastu lat pontyfikatu Klemens VIII przekazał na rzecz swojej rodziny ponad milion skudów, nie licząc regularnych dochodów uzyskiwanych przez jego krewnych z tytułu nadanych im stanowisk.
Polityka wewnętrzna Pontyfikat Klemensa VIII to okres wzmożonej działalności Rzymskiej Inkwizycji, która w tym czasie skazała na śmierć dwadzieścia trzy osoby. Jedną z jej ofiar był eks-dominikanin Giordano Bruno, spalony w 1600 za głoszenie dość oryginalnych tez filozoficznych. Skrupulatnie egzekwowano też przepisy ograniczające prawa społeczności żydowskich.
Klemens VIII wykazywał się także sporą surowością w walce z bandytyzmem szerzącym się w Państwie Kościelnym, zatwierdzając wyroki śmierci orzeczone nawet w stosunku do wpływowych bandytów, jak np. Troio Savelli, wywodzącego się z jednego z najpotężniejszych rodów rzymskich. Surowość ta budziła niekiedy uzasadnione wątpliwości. W 1599 za jego przyzwoleniem stracono 22-letnią szlachciankę Beatrice Cenci, która zabiła swojego ojca Francesco Cenciego.