W 1939, po otrzymaniu stypendium, wyjechał do Paryża, później do Londynu. Na wieść o zbliżającej się wojnie wrócił do Polski. Posiadał przydział w rezerwie do 41 pułku piechoty w Suwałkach. Z relacji ppor. piech. rez. Stanisława Kolankowskiego wynika, Józef Marcinkiewicz służył w rezerwowej 35 Dywizji Piechoty i walczył w obronie Lwowa. Spotkali się 20 września 1939 w rejonie Góry Stracenia. Po kapitulacji załogi miasta obaj dostali się do niewoli sowieckiej. Po raz drugi i ostatni spotkali się w pociągu, którym przewożeni byli jeńcy. Podróż do granicznej miejscowości Podwołoczyska trwała sześć dni. Ostatniego dnia Stanisław Kolankowski wyskoczył z jadącego pociągu, natomiast jego kolega ze studiów i „podchorążówki” nie zdecydował się na ucieczkę. Józef Marcinkiewicz trafił do obozu jenieckiego w Starobielsku. Wiosną 1940 został zamordowany przez funkcjonariuszy NKWD w Charkowie i pogrzebany potajemnie w masowej mogile w Piatichatkach, gdzie od 17 czerwca 2000 mieści się oficjalnie Cmentarz Ofiar Totalitaryzmu w Charkowie. Figuruje na Liście Starobielskiej NKWD, pod poz.