IUCN uważa manula stepowego za gatunek najmniejszej troski. Gatunek oceniono po raz pierwszy w 1994 jako niedostatecznie rozpoznany, w 1996 uznano go za gatunek niższego ryzyka. W 2002 uznano go za gatunek bliski zagrożenia, co podtrzymywano w 2002, 2008, 2015 i 2016, by w 2020 opublikować zmianę na gatunek najmniejszej troski. Obejmuje go załącznik drugi konwencji CITES. Większość państw, gdzie występuje, zakazuje polowania na manula, jednakże prawo nie jest w nich przestrzegane i zwierzę ciągle odławia się celem pozyskania skór.
Jako powody śmierci manuli IUCN wymienia polowania przez inne drapieżniki, w tym psy i ludzi, jako główne zagrożenie dla gatunku podaje jednak niszczenie i fragmentację siedlisk zwierzęcia. Na liczebność zwierzęcia wpływa także liczebność jego ofiar, zwłaszcza gryzoni czy też szczekuszkowatych o zmieniającej się istotnie corocznie liczebności, ale też podtruwanych przez człowieka. Większość jego ofiar nie należy do gatunków zagrożonych, aczkolwiek i takie się zdarzają. Swój wkład w zagrożenie gatunku ma też pasożytnictwo.