Polimeraza RNA przesuwa się dalej, a ogólne czynniki transkrypcyjne są uwalniane. Terminacja transkrypcji nie wymaga białek uwalniających, a jej sygnały są inne niż u prokariontów. Zaproponowano dwa modele terminacji transkrypcji u eukariotów. Według pierwszego po transkrypcji miejsca poliadenylacji w polimerazie zachodzi zmiana konformacji, która ułatwia terminację transkrypcji. Według drugiego modelu w terminacji transkrypcji bierze udział trawiąca RNA egzonukleaza, która przecina cząsteczkę mRNA, a następnie niszczy ten fragment RNA, który ciągle jest związany z polimerazą.
Transkrypt jest komplementarny do nici matrycowej i homologiczny z nicią kodującą. Należy jednak pamiętać, że jakkolwiek homologami G, C i A w pre-mRNA są rybonukleotydy niosące te same zasady azotowe, to homologiem T jest rybonukleotyd zawierający uracyl (U) a nie tyminę.
Porównanie sekwencji pre-mRNA z sekwencjami nici kodującej i matrycowej genu: 1) 5'- A A T C G G C A T G C C A T G G C C T T G C G C T A - 3' gen 2) 3'- T T A G C C G T A C G G T A C C G G A A C G C G A T - 5' 3) 5'- A A U C G G C A U G C C A U G G C C U U G C G C U A - 3' pre-mRNA
1 - nić kodująca 2 - nić matrycowa 3 - transkrypt