W 1466 Mikołajki znalazły się w granicach nowo utworzonego województwa malborskiego.
W pierwszej połowie XVII wieku w ruinie znalazł się kościół w Mikołajkach, który po kilkudziesięciu latach został odbudowany (należał do rzymskokatolickiej parafii Krasna Łąka), jednak po niedługim czasie ponownie został zniszczony (prawdopodobnie w wyniku III wojny północnej). Kościół w przeszłości posiadał rangę sanktuarium. W tym czasie większość wsi na tym terenie opustoszała także w wyniku epidemii cholery. W Mikołajkach pozostał żyjący w skrajnej nędzy sołtys. Znane są nazwiska kilku XVII-wiecznych sołtysów wsi, jak Jan Gosz-Kamiński (1604), Michał Kamiński (1637) oraz Albert Jerzwicki (1677). Znane jest także nazwisko jednego z proboszczów parafii, ks. Wojciecha Bedońskiego. Wokół kościoła znajdował się cmentarz, użytkowany także w okresie zniszczenia świątyni. Kościół ulegał stopniowemu niszczeniu w XVIII wieku. W wyniku I rozbioru Polski z 1772 Mikołajki znalazły się w granicach Królestwa Prus. W 1883 na terenie wsi powstała prywatna kaplica, ufundowana przez rodzinę Schreiberów. Nową świątynię, istniejącą do tej pory, wybudowano w 1896, a konsekrowano w 1903, w początku lat 20. XX wieku dobudowano do niej wieżę. Od 1900 parafia miała własnego proboszcza. W 1919 doszło do reerygowania parafii.