W 1564 Wojciech z powodu braku potomstwa przekazał swoim siostrzeńcom Adamowi Tarnowskiemu i Piotrowi Baranowskiemu Mikoszki, część Jarogniewic oraz Grzybno.
Miejscowość odnotowały również rejestry podatkowe. W 1563 pobrano podatki od wielu zagrodników we wsi Mikoszki. W 1581 miał miejsce pobór od jednego łana, 3 zagrodników oraz 3 komorników.
W wyniku II rozbioru Rzeczypospolitej w 1793, miejscowość przeszła w posiadanie Prus i jak cała Wielkopolska znalazła się w zaborze pruskim. W okresie Wielkiego Księstwa Poznańskiego (1815-1848) miejscowość wzmiankowana jako Mikoszki należała do wsi większych w ówczesnym pruskim powiecie Kosten rejencji poznańskiej. Mikoszki należały do okręgu czempińskiego tego powiatu i stanowiły odrębny majątek, którego właścicielem był wówczas (1846) Ludwik Koczorowski. Według spisu urzędowego z 1837 roku Mikoszki liczyły 164 mieszkańców, którzy zamieszkiwali 17 dymów (domostw).
Pod koniec XIX wieku obszar dworski Mikoszki stanowił posiadłość Stefana Chłapowskiego. Istniał w nim młyn parowy oraz gorzelnia.