Poza wyspami, które oddzielają Zalew od Morza Bałtyckiego – Uznamem, Wolinem i kilkunastoma wyspami delty Świny – na zalewie leży jeszcze kilka wysp. W części niemieckiej są to tylko dwie mielizny, które nieznacznie wychynęły ponad poziom wody, jedną z nich jest Groß Bockkamp, druga leży u brzegu wyspy Uznam nieopodal osady Karnin (części miasta Usedom). W części polskiej znajdują się Łysa Wyspa zamykająca jezioro Nowowarpieńskie oraz Wyspa Adamowa (Wichowska Kępa) na Roztoce Odrzańskiej, a także dwie sztuczne wyspy, usypane z urobku wybranego z dna podczas prac pogłębiarskich: Chełminek i Wyspa Refulacyjna, obie położone nieopodal Trzebieży, u wylotu Roztoki Odrzańskiej.
W 2019 podczas pogłębiania toru wodnego Szczecin – Świnoujście rozpoczęto usypywanie dwóch kolejnych wysp na Zalewie. Większa, Wyspa Tadeusza Przygody-Wronowskiego, powstaje we wschodniej części Zalewu nieopodal wsi Czarnocin i ma być wykorzystywana jako pole refulacyjne również w przyszłości. Mniejsza, Wyspa Jana Zabawy-Wróblewskiego, powstaje na południe od wysp Karsibór i Wielki Krzek i po zakończeniu prac w 2022 ma zostać zalesiona i przeznaczona na ptasi rezerwat.