Do Małego Zalewu (w Niemczech) uchodzą rzeki Wkra (niem. Uecker) i Zarow, do Wielkiego Zalewu – Odra, Gowienica, Karwia Struga, Karpina, Łącki Rów, Kanał Czarnociński, Kanał Śmieciowy i Kanał Torfowy. Na granicy polsko-niemieckiej do Jeziora Nowowarpieńskiego uchodzi struga Myśliborka.
Odpływ wód z zalewu do Morza Bałtyckiego odbywa się poprzez 3 cieśniny. Po uwzględnieniu siły wiatru, zmian poziomu wód, wskaźników zasolenia wyliczono proporcje odpływu dla poszczególnych cieśnin: Świna – 69%, Piana – 17% i Głęboki Nurt–Dziwna – 14%.
Warunki atmosferyczne thumb|230px|Zalew Szczeciński zimą
Średnia roczna temperatura wody wynosi 11°C, a maksymalna 26 °C (dane 1989–2000).
Przyroda thumb|left|200px|Zalew Szczeciński, widok w kierunku południowym
Woliński Park Narodowy obszary Natura 2000: Ujście Odry i Zalew Szczeciński PLH320018, Wolin i Uznam PLH320019, Zalew Szczeciński PLB320009, rezerwaty przyrody: rezerwat przyrody Czarnocin, rezerwat przyrody Białodrzew Kopicki. użytek ekologiczny: użytek ekologiczny Łysa Wyspa, inne: Karsiborska Kępa i Wyspy Bielawka (społeczne rezerwaty OTOP), Park Natury Zalewu Szczecińskiego (społeczny obszar chroniony Stowarzyszenia na rzecz Wybrzeża).