Lata 1989–2000 Po 1989 struktury MW zaczęły się rozrastać. Koła organizacji zaczęły pojawiać się w coraz to większej liczbie miejsc; ukazywały się ulotki i plakaty informujące o reaktywowaniu MW w Olsztynie, Białymstoku, Krakowie. W dniach 30–31 maja 1992 w Poznaniu zorganizowano Światowy Zjazd Młodzieży Wszechpolskiej z okazji siedemdziesięciolecia istnienia organizacji. W trakcie konferencji wygłoszono kilka referatów poświęconych zagadnieniom Kościoła, narodu i państwa.

Organizacja wzięła udział w kampanii Bloku dla Polski przed wyborami parlamentarnymi w 1997, podczas której krytykowała koalicję AWS–Unia Wolności. Protestowała przeciwko jej zdaniem nielegalnemu wykupowi polskiej ziemi i nieuczciwej prywatyzacji. MW była jednym z inicjatorów zjednoczenia wielu partii narodowych w jedno Stronnictwo Narodowe do czego doszło 19 kwietnia 1999 w Warszawie.

Lata 2001–2006 Po powołaniu Ligi Polskich Rodzin Młodzież Wszechpolska poparła ją i rozpoczęła z nią współpracę. W 2002 odbył się zjazd z okazji 80-lecia istnienia organizacji w Sali Kolumnowej w Sejmie, na którym przyjęto nową Deklarację Ideową, a nowym prezesem został wybrany Piotr Ślusarczyk.