Młynka należała do gminy Kressendorf w Landkreis Krakau, dystryktu krakowskiego w Generalnym Gubernatorstwie. W 1944 r. Niemcy wybudowali bocznicę kolejki wąskotorowej – wówczas na teren Młynki, obecnie Rudawy – w celu przewożenia materiałów do budowy umocnień linii oporu (po II wojnie światowej została zlikwidowana). Do roku 1954 wieś należała do ówczesnej gminy Krzeszowice. Jesienią 1954 r. wieś została przyłączona do gromady Nawojowa Góra w ówczesnym powiecie chrzanowskim w woj. krakowskim. 30 czerwca 1960 r. z gromady Nawojowa Góra wyłączono wieś Młynka włączając ją do gromady Rudawa w ówczesnym powiecie chrzanowskim. W latach 1975–1998 miejscowość administracyjnie należała do województwa krakowskiego. 1 stycznia 1973 r. znalazła się w gminie Rudawa w ówczesnym powiecie chrzanowskim w woj. krakowskim. 15 stycznia 1976 r. gmina Rudawa została zniesiona przez połączenie z dotychczasową gminą Zabierzów w nową gminę Zabierzów i tam znalazła się także wieś. W pierwszych latach XXI w. część północno-wschodnia wsi powróciła do Rudawy.