Pierwsza wzmianka o kościele w Mołtajnach pochodzi z roku 1384. Proboszczem Mołtajn w roku 1486 był Baltazar Löszenstein. W tym czasie parafia posiadała cztery włóki ziemi. Przed reformacją parafia w Mołtajnach należała do archiprezbiteratu sępopolskiego. Odbywały się tu pielgrzymki do św. Anny. Do roku 1730 w dzwonnicy przechowywany był jej obraz.
Gotycki kościół, został wybudowany pod koniec XV w. wyróżnia się wschodni szczyt korpusu. Sklepienia świątyni pozorne, w kruchcie zachowało się pierwotne sklepienie gwiaździste. Wieża została podwyższona na początku XVI w., ozdobiona blendami, zwieńczona szczytem schodkowym ze sterczynami i nakryta dwuspadowym dachemPiotr Skurzyński "Warmia, Mazury, Suwalszczyzna" Wyd. Sport i Turystyka – Muza S.A. Warszawa 2004 s. 159. Późnobarokowy ołtarz i organy ufundowane zostały przez Egloffsteinów w 1782. Organy zbudował Karol Henryk Obuch z Morąga. W posadzce kościoła znajdowała się płyta nagrobna Schliebena (zm. 1561).
Na cmentarzu przykościelnym zachował się barokowy grobowiec (uszkodzony) Albrechta (zm. 1791) i Henrietty Egloffsteinów (zm. 1776) z XVIII w.