Na początku I wojny światowej Mordarka znalazła się w centrum zmagań. Wynikało to z tego, że przez wieś przechodził front operacji limanowsko-łapanowskiej (2–12 grudnia 1914). Na wzgórzu Jabłoniec w dniach 8–11 grudnia doszło do jednej z najkrwawszych bitew tej wojny. W nocy z 10 na 11 grudnia doszło do krwawych walk na bagnety pomiędzy 13 pułkiem spieszonych huzarów węgierskich a wojskiem rosyjskim. W starciu tym zginął dowódca huzarów – płk. Othmar Muhr – który został uznany za bohatera monarchii Austro-Węgierskiej i dostał przydomek „von Limanowa”. Przez Mordarkę maszerował też dwa razy 5. batalion Legionów Polskich Józefa Piłsudskiego. Pierwszy raz idąc na Nowy Sącz, a drugi raz po przegranej bitwie pod Marcinkowicami.
Druga wojna światowa rozpoczęła się w Mordarce 6 września 1939, wojsko niemieckie nie napotkało tutaj oporu. Na terenie wsi doszło do jednej egzekucji, w której hitlerowcy rozstrzelali 11 mieszkańców Limanowej. Zamordowani to 10 Żydów i Polak, Jan Semik, który jako wiceburmistrz Limanowej próbował ochronić ich od śmierci. W okresie wojny były organizowane łapanki i przymusowe wywozy mieszkańców na roboty do Niemiec. Na terenie wsi działała partyzantka oraz tajne nauczanie. Ludność żydowska Mordarki została początkowo zamknięta w getcie w Limanowej, a potem wywieziona do obozów koncentracyjnych.