Po zajęciu Eretrii Datys zapewnił swoim żołnierzom parę dni odpoczynku, po czym dokonał desantu na długiej na 3 km piaszczystej plaży Schoinia (Schoinias) w pobliżu Maratonu w Attyce. Wybór tego miejsca miał zasugerować Hippiasz. Było ono dogodne dla Persów z paru względów. Po pierwsze pobliska równina pozwalała na wykorzystanie konnicy. Po drugie w pobliżu plaży znajdowało się jezioro, z którego Persowie mogli czerpać wodę pitną dla ludzi i koni. Ponadto osłonięta od północy przez przylądek Kynosura Zatoka Maratońska zapewniała bezpieczeństwo perskim okrętom.
W tym samym czasie Ateńczycy wysłali do Sparty z prośbą o pomoc zawodowego gońca o imieniu Filippides lub Fejdippides, jak również zwołali radę 10 strategów, na której przeważyło stanowisko Miltiadesa z rodu Filaidów, nawołującego do stawienia czoła Persom w otwartej bitwie. Misja dyplomatyczna Filippidesa zakończyła się wszakże jedynie częściowym powodzeniem, gdyż Spartanie stwierdzili, że będą mogli wyruszyć na pomoc Ateńczykom dopiero za sześć dni, gdyż obchodzili wówczas święto ku czci Apollina Karnejskiego, w trakcie którego nie mogli prowadzić działań wojennych. Natychmiastowego wsparcia udzielili natomiast Ateńczykom obywatele Platejów, niewielkiego miasta w Beocji, znajdującego się w pobliżu granicy z Attyką, którzy byli od 519 r. p.n.e. sprzymierzeni z Atenami.