W lutym 1918 po traktacie brzeskim był inicjatorem buntu II Brygady Legionów i przebicia się jej przez front pod Rarańczą na Bukowinie. Następnie przekazał dowództwo tej formacji gen. Józefowi Hallerowi. Po przejściu frontu został szefem sztabu II Korpusu Polskiego w Rosji (w którego skład weszła II Brygada Legionów) w stopniu pułkownika. Po rozbrojeniu Korpusu przez Niemców po bitwie pod Kaniowem w maju 1918 służył na stanowiskach dowódczych w POW w Rosji. Był dowódcą 2 pułku piechoty w 4 Dywizji Strzelców Polskich.
Służba w II Rzeczypospolitej Od stycznia 1919 służył w Wojsku PolskimPrzyjęty dekretem Naczelnego Wodza z dnia 4 marca 1919.. Został zweryfikowany w stopniu pułkownika piechoty ze starszeństwem z dniem 1 czerwca 1919.
W marcu 1919 mianowany dowódcą Ciechanowskiego Okręgu WojskowegoDziennik Rozkazów Wojskowych 1919, 20 marca, nr 31 pkt 1017, s. 790.. W sierpniu 1919, w związku z wybuchem I powstania śląskiego, został kierownikiem ekspozytury Naczelnego Dowództwa ds. powstania śląskiego z zadaniem kierowania akcją powstańczą na terenie Górnego Śląska. Po powrocie do Warszawy Żymierski ukończył kurs oficerski w Centrum Studiów Artyleryjskich w Rembertowie (30 października 1919). W grudniu objął dowództwo II Brygady Piechoty, walczącej na Froncie Litewsko-Białoruskim.