Singapur posiada gęstą sieć bardzo krótkich rzek (najdłuższa to Seletar, mająca 16 km długości).
Singapur omywają ciepłe wody cieśnin Malakka i Singapurskiej, łączących Morze Andamańskie z Morzem Południowochińskim, oraz cieśniny Johor, która wąskim, zaledwie dwukilometrowym pasem oddziela kraj od Półwyspu Malajskiego. Większość wysp otaczają rafy koralowe.
Dawniej wyspę porastały wilgotne lasy równikowe i zarośla namorzynowe rozciągnięte wzdłuż wybrzeży oraz na brzegach rzek. Wykarczowano je jednak pod zabudowę gwałtownie rozwijającego się miasta-państwa. Współcześnie pozostałości tej naturalnej roślinności zajmują zaledwie 5% powierzchni kraju i w większości są chronione w rezerwatach. Ogólnie jednak terenów zadrzewionych w Singapurze jest aż 29,3%, co jest najlepszym wynikiem na świecie wśród wielkich miast. Charakterystycznym dla Singapuru zwierzęciem jest makak – małpa wąskonosa. Na wyspach Ubin i Tekong ostoję znalazł największy singapurski ssak – dzika świnia. Ponadto w całym kraju żyje wiele ptaków, gadów (m.in. pytony), ponad 350 gatunków motyli, a w przybrzeżnych wodach liczne gatunki ryb i skorupiaków.