Po śmierci ostatnich książąt mazowieckich Janusza i Stanisława Nieporęt wraz z całym Mazowszem w roku 1526 staje się królewszczyzną.

Kiedy Zygmunt III Waza w roku 1596 przeniósł swą siedzibę z Krakowa do Warszawy, pojawił się problem lokalizacji dworu myśliwskiego. Wybór padł na Nieporęt, leżący w głębokiej puszczy w widłach Wisły i Narwi, a jednocześnie przy szlaku prowadzącym od Warszawy przez Bródno ku przeprawie na Narwi i dalej odgałęzieniem szlaku bursztynowego na Jaćwież. Puszcza nadnarwiańska obfitowała w liczne cieki wodne, stąd też król Zygmunt III nakazał "zebrać wody z puszczy" i tak powstał Kanał Królewski, w 1963 roku przebudowany do Kanału Żerańskiego. Jako wotum po zwycięstwie nad Szwedami Jan Kazimierz kazał wybudować kościół w Nieporęcie, we wnętrzu którego widnieje herb Wazów – snop. W dworze Wazów w Nieporęcie, gdzie często chronili się Wazowie wraz z dworem przed kolejnymi epidemiami nawiedzającymi Warszawę, Jan Kazimierz dowiedział się o fakcie obrania go królem Polski.

Wkrótce po abdykacji Jana Kazimierza w 1668 roku Nieporęt wrócił do Prażmowskich. Gospodarzyli oni na dobrach nieporęckich do roku 1749, kiedy to August Czartoryski nabył 3/4 Nieporętu. Wkrótce potem, drogą koligacji, właścicielem Nieporętu stali się Lubomirscy.