Przyroda Aż 2/3 doliny pokryte jest lasami świerkowymi. W dolnej części doliny występują dolnoreglowe lasy z domieszką buka, jodły i reliktowej sosny zwyczajnej, która ma tutaj największe skupisko w polskich Tatrach. Las pierwotny zachował się jeszcze na Hotarzu w górnej części Doliny Chochołowskiej. Wśród lasów bieleją liczne turnie – szczególnie efektownie prezentują się Mnichy Chochołowskie i Siwiańskie Turnie. Szczyty i granie wyższych gór są trawiaste, najatrakcyjniej wyglądają jesienią. Wówczas możemy na nich obserwować całą tęczę kolorów: przebarwione na jaskrawoczerwony kępy borówek (występują ich tu 3 gatunki), fioletowe wrzosy, rude pędy situ skuciny, żółte bliźniczki psiej trawki, a to wszystko na tle ciemnozielonych kęp kosodrzewiny. Atrakcją są też liczne polany i hale z szałasami, większość z nich jest jeszcze wypasana. Wiosną zakwitają na nich masowo krokusy, jesienią zimowit jesienny i jesienne gatunki goryczek. Ciekawa flora. M.in. stwierdzono tutaj występowanie takich rzadkich w polskich Karpatach roślin, jak: szczwoligorz tatarski, ostrożeń głowacz, storzan bezlistny, zarzyczka górska, turzyca skąpokwiatowa.