Wieś odnotowały historyczne rejestry podatkowe. W 1563 w miejscowości miał miejsce pobór podatków od 24 łanów oraz od 4 zagrodników. W 1577 wdowa po Krzysztofie Tuczyńskim zapłaciła pobór ze swojej części Nakielna od 23 półłanków oraz dwóch karczm dorocznych. W 1579 Anna Tuczyńska zapłaciła ze swojej części Nakielna od 7 całych śladów roli, od 5 zagrodników, 5 komorników, od 2 owczarzy oraz od kowala.
W 1628 z funduszy Tuczyńskich wzniesiono drewniany kościół parafialny św. Wawrzyńca. Do parafii nakielskiej należały wsie: Stręczno, Dykowo, Harmsdorf i Prusinowo Wałeckie. W 1641 ponownie odnotowano kościół oraz to, że pleban miał w uposażeniu jeden łan roli.
W wyniku I rozbioru Polski w 1772 miejscowość przeszła w posiadanie Prus i znalazła się w zaborze pruskim. W 1944 w okresie III Rzeszy miejscowość nosiła niemiecką nazwę Klein Nakel.
W latach 1975–1998 miejscowość administracyjnie należała do województwa pilskiego.
W miejscowości działało Państwowe Gospodarstwo Rolne – Zakład Rolny Nakielno, wchodzący w skład Państwowego Gospodarstwa Rolnego „Biorol” w Wałczu.