Historia mały|362x362px|Kościół Nawiedzenia Najświętszej Maryi Panny Nawojowa została założona przez kasztelana krakowskiego Nawoja z Tenczyna. W latach późniejszych przeszła w ręce książąt Ostrogskich, była częścią Ordynacji Ostrogskiej. W 1600 roku otrzymali ją na mocy ugody książęta Lubomirscy. Oprócz Nawojowej należało wówczas do tego majątku 25 osad położonych w górach: Szlachtowa, Czarnowoda, Jaworki, Białowoda (dziś gm. Szczawnica), Kunina, Bącza, Łazy, Popardowa, Margoń, Rybień, Homrzyska, Złotne, Czaczów, Barnowiec, Roztoka, Składziste, Maciejowa, Łabowa, Lachowiec, Kotów, Młyn, Nowa Wieś, Łosie, Krzyżówka i Frycowa. W 1753 roku nastąpił podział ordynacji na mocy ugody zawartej w Kolbuszowej. Klucz nawojowski otrzymał ks. Franciszek Ferdynand Lubomirski, starosta olsztyński. Wkrótce potem majątek w spadku przeszedł na rodzinę Stadnickich. Historyk Sądecczyzny Szczęsny Morawski wspomina o legendzie, według której podziemia liczące ponad 9 km długości łączyły Nawojową z zamkiem w Rytrze. Ponoć zaczynały się na wzgórzu za kościołem, na którym miał znajdować się zamek rycerza Nawoja. Mieszkańcy Nawojowej wsławili się w czasie wojen szwedzkich w 1655 roku napadem pod wodzą Kochowskiego na załogę szwedzką w Nowym Sączu.