Na początku XVII wieku Nikielkowo było własnością kanonika Łukasza Bratkowskiego. Nieco później (1656 r.) wieś przeszła we władanie Jerze Nycza i niejakiej Grzymałtówny. Pod koniec XVII wieku wieś była własnością przez Jana Grzymały, rotmistrza w służbie polskiej i burgrabiego olsztyńskiego (1677–1683). Nikielkowo w latach 1686–1788 znajdowało się w posiadaniu rodu Grzymałów (dobra mieli także w pobliskim Tracku). W połowie XVII wieku we wsi wymieniano rodziny chłopów pańsczyźnianych oraz dwóch wolnych chłopów na prawie chełmińskim. Do Nikielkowa należała karczma położona w Skajbotach (dane z 1773 r.).
W 1874 r. Nikielkowo (od 1928 r. wspólnie z Trackiem) ustanowiono siedzibą okręgu administracyjnego, obejmującego wsie: Kieźliny, Myki, Zalbki, Track i Wadąg.
W XIX wieku dokumenty wymieniają von Groebenów jako właścicieli Nikielkowa, Oberamtmanna Nohta (1820 r.), i od 1821 r. do 1909 r. – Hoverbecków. Leopold von Hoverbeck założył w Nikielkowie 16 morgowy sad. W okresie międzywojennym we wsi działała jednoklasowa szkoła (nauczycielem był Konrad Hinzmann). W 1920 r. wieś przeszła w posiadanie Heinricha Sterna (elbląskiego ginekologa).