18 lipca 1939 wieś ucierpiała w wyniku gradobicia. Deszcz i grad zniszczyły okoliczne pola i łąki. We wsi odbywały się ćwiczenia polowe żołnierzy Wehrmachtu z kompanii łączności garnizonu w Prudniku. W okresie II wojny światowej w Nowej Wsi Prudnickiej pracowali robotnicy przymusowi z Polski, m.in. z miejscowości Świnna Poręba. Od marca do maja 1945 powiat prudnicki znajdował się pod kontrolą radzieckiej komendantury wojskowej. 11 maja 1945 polska administracja przejęła władzę cywilną w powiecie prudnickim. Mieszkańcom Nowej Wsi Prudnickiej, posługującym się dialektem śląskim bądź znającym język polski, pozwolono pozostać we wsi po otrzymaniu polskiego obywatelstwa.
W latach 1945–1950 Nowa Wieś Prudnicka należała do województwa śląskiego, a od 1950 do województwa opolskiego. W latach 1945–1954 wieś należała do gminy Gostomia, a w latach 1954–1972 do gromady Gostomia. Podlegała urzędowi pocztowemu w Białej.
W 1949 we wsi znajdowały się między innymi: szkoła podstawowa prowadzona przez Inspektorat Szkolny w Prudniku, piekarz. Cegielnia Tiele-Wincklerów w Nowej Wsi Prudnickiej została przejęta przez Prudnickie Zakłady Terenowego Przemysłu Materiałów Budowlanych w Prudniku.