Od maja 1942 uczestniczył w rozmowach ze Stefanem Sachą i Władysławem Jaworskim w sprawie scalenia Narodowej Organizacji Wojskowej z AK, do czego doszło w listopadzie tego roku. Po aresztowaniu przez Niemców gen. Grota-Roweckiego, od 1 lipca 1943 (formalnie od 17 lipca) objął stanowisko Komendanta Głównego Armii Krajowej. Jego nominacja na to stanowisko wzbudziła kontrowersje wśród niektórych wyższych oficerów KG AK„Niektórzy wyżsi oficerowie KG AK mieli poważne obiekcje co do nominacji Bora-Komorowskiego, ponoć ze względu na jego prawicowe poglądy. Szef Biura Propagandy i Informacji AK płk dypl. Jan Rzepecki oceniał, iż „na tle stosunków politycznych w kraju” mianowanie gen. Bora – Komorowskiego na dowódcę AK będzie miało jak najgorsze następstwa. Interweniował on też w tej sprawie u Szefa Sztabu: „Przedstawiłem mu swój pogląd, że jest wysoce niepożądane by w czasie gdy w kraju postępuje silna radykalizacja społeczeństwa na lewo, na czele AK stawał człowiek o profilu politycznym generała Komorowskiego i zapytałem czy i jaką widziałby drogę, by spowodować mianowanie kogoś innego, względnie skłonić Komorowskiego do rezygnacji” – Jan Ciechanowski „Powstanie Warszawskie” Bellona S.A. s.