Struktura Najwyższym organem Funduszu jest Konferencja Ministrów Spraw Zagranicznych państw V4, która ustala wysokość rocznych składek, zatwierdza budżet i zbiera się co najmniej raz w roku, podejmując decyzje jednomyślnie. Przygotowaniem jej posiedzeń oraz zatwierdzaniem projektów wybranych do finansowania zajmuje się Rada Ambasadorów, obradująca nie rzadziej niż co pół roku. Organem wykonawczym są dyrektor wykonawczy i jego zastępca, a obsługę administracyjną prowadzi Sekretariat. Przewodnictwo rotuje między państwami członkowskimi w porządku alfabetycznym.
Budżet Roczny budżet Funduszu pochodzi z równych składek rządów czterech państw i dzieli się na część przeznaczoną na finansowanie projektów oraz koszty operacyjne Sekretariatu. Do finansowania dokładają się również państwa darczyńcy spoza Grupy, m.in. Kanada, Niemcy, Holandia, Korea Południowa, Szwecja, Szwajcaria i Stany Zjednoczone. W 2021 roku premierzy zwiększyli roczny budżet do 10 mln euro, a od 2025 jego podstawowa wysokość wynosi 11 mln euro.