W sezonie 2005/2006 Osasuna osiągnęła historyczny sukces, zajmując czwarte miejsce w lidze. Sam sukces przyszedł jednak w sprzyjających dla Osasuny okolicznościach – zarówno Los Rojillos, jak i piąta ostatecznie Sevilla FC miały po tyle samo punktów, jednak zespół z Pampeluny miał lepszy bilans bezpośrednich spotkań. W Lidze Mistrzów nie udało się jednak zajść daleko – klub przegrał w trzeciej rundzie eliminacyjnej z Hamburgerem SV i po raz piąty w historii awansował do Pucharu UEFA.
thumb|left|200px|Osasuna grająca przeciwko Deportivo w 2012
Osasuna trafiła w nim do grupy D z Parmą, RC Lens, Odense i Heerenveen. Klub awansował do fazy pucharowej z drugiego miejsca. W niej, w 1/16 finału podejmował Girondins Bordeaux. Z francuskim zespołem udało im się wygrać w dwumeczu 1:0, remisując bezbramkowo na wyjeździe i wygrywając w Pampelunie po zwycięskim golu Dżawada Nekunama w dogrywce.
W 1/8 finału zespół z Nawarry spotkał się z Rangers. W Szkocji zawodnicy hiszpańskiego klubu zremisowali 1:1, natomiast w rewanżu wygrali 1:0. W ćwierćfinale podopieczni Cuco podejmowali Bayer 04 Leverkusen, udało im się wygrać w wielkim stylu w dwumeczu 4:0 (3:0 na wyjeździe i 1:0 u siebie).