28 września, po otrzymaniu przez władze powstania niemieckich propozycji kapitulacyjnych generał Chruściel zdecydowanie sprzeciwiał się również ewakuacji ludności cywilnej w sytuacji, gdyby walka miała być kontynuowana, mówiąc: „Dzisiaj żołnierz wie, że walcząc, jednocześnie broni ludności cywilnej stolicy. Gdy braknie mieszkańców, można oczekiwać, że poczuje się żołnierz osamotniony i nie potrafi się zdobyć na obronę tej kupy gruzu, jaką dzisiaj przedstawia Warszawa”Andrzej Leon Sowa, Kto wydał wyrok na miasto. Plany operacyjne ZWZ-AK (1940–1944) i sposoby ich realizacji, Wydawnictwo Literackie 2016, , s. 613..
Za udział w powstaniu awansowany rozkazem gen. Kazimierza Sosnkowskiego do stopnia generała brygady.
Po kapitulacji powstania przebywał w Oflagu XIII D Nürnberg-Langwasser, a następnie w Oflagu IV C Colditz, skąd został uwolniony w maju 1945 przez armię amerykańską.