Kulminacją sporów pomiędzy kompaniami była lokalna wojna, której najbardziej znaczącym wydarzeniem była bitwa pod Siedmioma Dębami. Taka sytuacja, niekorzystna dla obu firm, trwała do roku 1821, kiedy to obie kompanie połączyły się pod wspólną nazwą Hudson Bay Company.
Okres od 1821 do 1840 r. był najlepszym w historii kompanii. Prowadzona żelazną ręką George’a Simpsona osiągnęła olbrzymia dynamikę. Obok łowiectwa i przetwórstwa skór zaczęła się angażować w eksplorację geologiczną.
Problemy kompanii zaczęły się w roku 1840, kiedy to czterech metyskich kłusowników, operujących w okolicach rzeki Red River w Manitobie, zostało ujętych i uwięzionych. Choć teoretycznie popełnili przestępstwo, samo wydarzenie nasunęło kwestie zasadności monopolu HBC. Wobec wzrastającej liczebności ludności Kanady stawał się on z wolna anachronizmem. W 1859 r. Kompania podjęła starania o przedłużenie dzierżawy, która upływała w 1870 r., na kolejne sto lat. Tym razem parlament brytyjski wyznaczył komisję, której zadaniem było zbadanie sytuacji. Komitet zadał około 7 tysięcy pytań, przesłuchując 25 świadków, w tym szefa samej kompanii. Konkluzją komitetu było, iż dzierżawa nie powinna być przedłużona, a tereny pod kontrolą korporacji miały być przekazane koronie. Od tego momentu Hudson Bay Company miała działać jako normalna spółka.