Pękowice – wieś w Polsce położona w województwie małopolskim, w powiecie krakowskim, w gminie Zielonki.
Integralną częścią wsi Pękowice jest miejscowość KątyGUS. Rejestr TERYT.
Położenie Pękowice położone są pomiędzy Prądnikiem (lewym dopływem Wisły), który wyznacza wschodnią granicę miejscowości, a jego prawym dopływem – potokiem Sudół, który przepływa wzdłuż granicy zachodniej. Obszar ten według regionalizacji fizycznogeograficznej znajduje się na południowym krańcu Wyżyny Olkuskiej (341.32), należącej do makroregionu Wyżyna Krakowsko-Częstochowska (341.3), w podprowincji Wyżyna Śląsko-Krakowska (341).
Miejscowość znajduje się ponadto na terenie Parku Krajobrazowego Dolinki Krakowskie.
Pod względem administracyjnym Pękowice zlokalizowane są w województwie małopolskim, w powiecie krakowskim, w zachodniej części gminy Zielonki, około 7,5 km w linii prostej na północ od centrum Krakowa.