W Sejmie zasiadał także w komisjach: oświatowej, spraw zagranicznych i wojskowych.
28 czerwca 1919 niektóre państwa europejskie, m.in. Polska, Rumunia, Grecja, Czechosłowacja, Jugosławia podpisały tzw. mały traktat wersalski. Gwarantował poszanowanie i obronę praw mniejszości narodowych zamieszkujących wymienione kraje. W krajach będących sygnatariuszami tego traktatu, mniejszości narodowe czujące się dyskryminowane mogły odwoływać się bezpośrednio do Ligi Narodów z pominięciem drogi sądowej, krajowej. Była to pewna forma ingerencji w suwerenność nowo powstałych państw (państwa istniejące przed wojną nie musiały w ogóle podpisywać małego traktatu). Maciej Rataj wystąpił z wnioskiem o odmówienie lub odroczenie ratyfikacji tego dokumentu przez Sejm. Został on jednak odrzucony przez większość izby. W rządzie Wincentego Witosa, zaprzysiężonym 24 lipca 1920, został ministrem wyznań religijnych i oświecenia publicznego. Gabinet podał się do dymisji 13 września 1921. W okresie od 11 sierpnia 1921 do 13 września 1921 był również p.o. ministra kultury i sztuki.