Okres II wojny światowej thumb|300px|Grób Macieja Rataja w Palmirach Po wybuchu II wojny światowej nie opuścił Warszawy. Był jednym z inicjatorów powołania Robotniczej Brygady Obrony Warszawy (od 6 września 1939), współdziałając m.in. z Mieczysławem Niedziałkowskim. Działał w Służbie Zwycięstwu Polsce, był też członkiem Politycznego Komitetu Porozumiewawczego. Zaczął też tworzyć konspiracyjne SL „Roch”. Pod koniec września 1939 współtworzył Główną Radę Polityczną (wszedł w jej skład wraz z Niedziałkowskim i Leonem Nowodworskim).
W listopadzie 1939 został aresztowany przez gestapo. Po trzech miesiącach został zwolniony z powodu braku dowodów na prowadzenie przez niego antyniemieckiej działalności. Ponownie podjął działalność konspiracyjną, odrzucając propozycje wyjazdu z kraju. Został ponownie aresztowany w 1940. Zamordowany przez Niemców w ramach akcji AB, mającej na celu eksterminację polskiej inteligencji, 21 czerwca 1940 w masowej egzekucji w Palmirach. Podczas ekshumacji zwłok w lasku palmirskim odnaleziono zwłoki Macieja Rataja.