Występowanie wielu poszczególnych metabolitów wtórnych jest charakterystyczne dla określonych gatunków i powiązane z funkcją spełnianą przez wakuolę w konkretnej komórce.
Grzyby Funkcja wakuoli w komórkach grzybów jest często opisywana jako tożsama z funkcją lizosomów komórek ssaków. Jednakże wakuola spełnia także wiele funkcji analogicznych do komórek roślin. Są w niej przechowywane jony oraz metabolity, jest także odpowiedzialna za utrzymywanie pH komórki.
Biogeneza Wakuole mogą powstawać na kilka sposobów. Pierwszym z nich jest podział już istniejącej wakuoli. W komórkach merystematycznych w okresie od fazy G1 do S istnieje szereg drobnych wakuol o nieregularnym kształcie, połączonych ze sobą. W prometafazie dochodzi do ich rozłączenia. W komórkach dojrzałych, w fazie G2, przed podziałem zachodzi rozdzielenie centralnej wakuoli przez pasma cytoplazmy. W efekcie powstaje wiele kompartmentów połączonych strukturami tubularnymi (TVM – ang. tubular structure of vacuolar membrane). Dopiero pojawienie się przegrody komórkowej podczas cytokinezy prowadzi do zerwania istniejących połączeń. Po podziale w fazie G1 dochodzi po uformowania centralnej wakuoli w każdej z komórek potomnych. Doświadczenia wykazały, że struktura może zostać również wytworzona de novo.