Szewskiej, gdzie znaleziono jego ciało”, jednak „nie ma możliwości ustalenia, czy Pyjas spadł sam, czy też został zepchnięty”„Biegli o śmierci Pyjasa: Obrażenia jak po upadku ze schodów”, krakow.gazeta.pl, 3 sierpnia 2012..
Postępowanie o utrudnianie śledztwa Jednocześnie prokuratura w 1999 rozpoczęła postępowanie o utrudnianie śledztwa w sprawie śmierci Stanisława Pyjasa. Akt oskarżenia objął 4 osoby: byłego inspektora Wydziału Inspekcji Biura Śledczego MSW Zbigniewa K.; byłego naczelnika Wydziału III Operacyjnego Komendy Wojewódzkiej MO w Krakowie Jana B.; byłego dyrektora Biura Śledczego MSW Tadeusza K.; gen. dywizji MO Bogusława Stachurę.
Dążyli oni do tego, by śledztwo wykazało iż przyczyną śmierci był nieszczęśliwy wypadek. Podali w śledztwie informacje, jakoby Pyjas nie był „w kręgu zainteresowań SB” i jednocześnie zatajali informację o typowaniu sprawcy pobicia oraz kierowali śledztwo na fałszywe tory.
25 stycznia 2002 Sąd po rozpoznaniu sprawy byłego inspektora Wydziału Inspekcji Biura Śledczego MSW Zbigniewa K. oraz byłego naczelnika Wydziału III Operacyjnego Komendy Wojewódzkiej MO w Krakowie Jana B.