W skład rządu Jerzego Buzka weszło trzech przedstawicieli partii: Marek Zdrojewski, a następnie Tomasz Szyszko i Maciej Srebro (ministrowie łączności), Jerzy Kropiwnicki (Rządowe Centrum Studiów Strategicznych) i Ryszard Czarnecki (Urząd Komitetu Integracji Europejskiej), a Stanisław Zając został wicemarszałkiem Sejmu.
W latach 1997–2001 partia reprezentowała nurt bardziej pragmatyczny, niż w Sejmie I kadencji; zmieniła swoje stanowisko w sprawie integracji europejskiej (na pozytywne) oraz wycofała się z forsowania niektórych kwestii ideologicznych. Jednocześnie walczyła o całkowity zakaz pornografii w 2000. W wyborach prezydenckich w 2000 ZChN poparło kandydaturę szefa AWS – Mariana Krzaklewskiego. W grudniu 2000 stronnictwo stało się częścią Federacji AWS, a nowy prezes ZChN Stanisław Zając był jednym z przywódców AWS.