Liczba osób należących do organizacji jest również nieznana. Według kontrowersyjnego filmu dokumentalnego BBC pt. The Power of Nightmares (Siła koszmarów) Al-Ka’ida jest luźno powiązaną organizacją, działającą często z dala od wpływów Usamy ibn Ladina (gdy żył), oraz małą kliką skrytych członków organizacji. Brak przekonujących informacji o liczbie osób należących do organizacji, mimo że w dokumencie BBC jest podkreślana dosyć spora liczba osób aresztowanych za działalność terrorystyczną, jest powodem budzącym wątpliwości, czy powszechnie rozpowszechnione informacje opisujące Al-Ka’idę oddają faktycznie rzeczywistą jej strukturę. Zasięg i natura Al-Ka’idy są kwestiami, które dostarczają tematów do dyskusji.
Od czasu zamachów bombowych na ambasady amerykańskie w Kenii i Tanzanii uznaje się znaczący rozwój organizacji, jednak podstawowa struktura Rady Konsultacyjnej i czterech komitetów pozostała nienaruszona. Liczebność Al-Ka’idy szacowana była na 3–5 tysięcy osób, z których większość walczyła w Afganistanie u boku talibów przeciwko Sojuszowi Północnemu. Ludzi tych określano mianem Brygady 055. Dysponowała ona obozami w Choście, Mahavia, Kabulu, Dżalalabadzie, Kunarze, Kandaharze oraz magazynami w Tora Bora i Liza.