Historia Projekt został rozpoczęty pod nazwą ChipTest w Carnegie Mellon University przez Feng-hsiung Hsu. Wyprodukowany system komputerowy został nazwany Deep Thought - nazwa pochodzi od fikcyjnego komputera z książki Autostopem przez Galaktykę. Hsu został zatrudniony przez firmę IBM w 1989 roku i pracował z Murrayem Campbellem nad problemami obliczeń rozproszonych. W wyniku tych badań powstał Deep Blue.
System swoją siłę czerpie głównie z siłowych metod przeszukiwania. Używa on 32-węzłowego klastra IBM RS/6000 SP, po 8 wyspecjalizowanych procesorów szachowych na każdym węźle. Program grający w szachy napisany został w języku C i pracuje w systemie operacyjnym AIX. Umożliwia to ewaluację około 200 milionów pozycji na sekundę. W czerwcu 1997, Deep Blue miał 259. miejsce wg listy TOP500 (11.38 GFLOPS na teście LINPACK) Top500.org.
Funkcja oceny była pierwotnie napisana w uogólnionej formie, z wieloma parametrami do ustalenia (np. jak ważna jest bezpieczna pozycja króla w stosunku do przewagi w centrum planszy itp.). Optymalne wartości tych parametrów zostały następnie wyliczone przez sam system, analizując tysiące partii arcymistrzów. Przed drugim meczem baza danych stanowiąca podstawę skuteczności systemu została dopracowana przez arcymistrza Joela Benjamina.