24 czerwca 1755 roku przybył z posiłkami jego następca Pierre-François de Rigaud, który otwarcie krytykował go za koncentrację sił jedynie w dolinie Ohio, przy zaniedbaniu innych możliwych kierunków brytyjskiej ofensywy. Krytyka ta była uzasadniona, lecz odpowiedzialność za taki stan rzeczy ponosił nie tylko gubernator, lecz i dwór, który wydawał odpowiednie instrukcje. Rozgoryczony Duquesne udał się do Francji, gdzie złożył wyjaśnienia ministrowi marynarki, które zostały przyjęte tym chętniej, że 9 lipca 1755 r. Francuzi pokonali armię brytyjską w bitwie nad Monongahelą, co zdawało się wskazywać na słuszność jego polityki.
Po powrocie do Francji Duquesne kontynuował swoją karierę w marynarce. W kwietniu 1756 roku został mianowany generalnym inspektorem wybrzeży Francji, a w roku 1757 dowódcą eskadry tulońskiej. Wieczorem 27 lutego 1758 roku przybył z posiłkami w liczbie 3 okrętów na redę Kartageny, lecz zlekceważył rozkaz admirała Jeana François de La Clue-Sabran i nie wszedł natychmiast do portu. Jego jednostki, zgodnie z obawami de La Clue-Sabrana, zostały zaatakowane przez przebywająca w pobliżu flotę brytyjską, w rezultacie czego ten ostatni został zmuszony do wydania jej nocnej bitwy, w której Francuzi stracili dwa okręty.