Grupa postanawia najpierw znaleźć Kolejarza – jeszcze inny program, pracujący dla Francuza. Gubią go jednak po długim pościgu, więc udają się bezpośrednio do Merowinga. Ten początkowo nie chce oddać im Neo, mówi, że wyda go, gdy dostarczą mu oczy Wyroczni, jednak gdy wywiązuje się walka pomiędzy Morfeuszem, Serafinem i Trinity a jego ludźmi, kobieta wykorzystuje okazję i przykłada pistolet do jego głowy. Jest zdecydowana go zabić, gdyż jest zakochana, co potwierdza Persefona. Merowing niechętnie uwalnia więc Neo.
Ostatnie chwile przed decydującą bitwą ludzi z maszynami upływają dla Trinity i Neo w ciszy i spokoju. Ten drugi decyduje się w końcu wyruszyć na pokładzie jednego z poduszkowców do Miasta Maszyn, aby zakończyć wojnę. Trinity postanawia mu towarzyszyć. Oboje wyruszają na pożyczonym statku w kierunku powierzchni planety. Jednak podczas podróży okazuje się, że mają pasażera na gapę - a jest nim agent Smith, któremu udało się sklonować w ciało niejakiego Bane'a. Trinity zostaje przez niego obezwładniona, a Neo toczy ze Smithem pojedynek i wprawdzie pokonuje go, ale traci wzrok. Oboje kontynuują wyprawę, docierając na powierzchnię. Tam ukazują się ich oczom "pola uprawne" ludzi, obsługiwane przez maszyny. Neo każe Trinity lecieć wzdłuż trzech grubych przewodów, prowadzących do Źródła. Nagle atakują ich mątwy.