W Akwizgranie humanistycznym zwyczajem zmienił swoje imię na łacińskie Albinus Flaccus.
W 796 Alkuin opuścił dwór Karola Wielkiego i osiadł w nadanym mu przez władcę opactwie benedyktyńskim św. Marcina w Tours, gdzie sprawował urząd opata. Nie jest jednak pewne, czy należał do zakonu benedyktynów, część historyków sądzi nawet, że nigdy nie został mnichem. W szkole, którą doprowadził do rozkwitu, założył skryptorium. W skryptorium tym powstawały rękopisy pisane nowym krojem pisma. Przywrócił także w swoim opactwie dyscyplinę zakonną. Szkoła Alkuina w Tours miała odmienny charakter niż szkoła w Akwizgranie – ta pierwsza koncentrowała się wokół zagadnień bardziej teoretycznych, podczas gdy ta druga miała odpowiadać konkretnym celom państwa frankijskiego, stanowić w pewnym stopniu część aparatu administracji i kształcić np. prawników. Alkuin inaczej niż Karol Wielki uważał, że naczelnym celem szkolnictwa nie jest kształcenie urzędników państwowo-kościelnych, ale podniesienie poziomu moralnego i umysłowego duchowieństwa w celu podniesienia poziomu duszpasterstwa. Szkoła nie ma więc służyć państwu, ale celom instytucjonalnym i teologicznym Kościoła.